Od 1990 r., kiedy to kształcenie pracowników socjalnych uzyskało ustawowy status wyższych studiów do przejścia na emeryturę Jerzy Szmagalski uczestniczył w rozwoju tego kształcenia na swojej Alma Mater, Uniwersytecie Warszawskim, a okresowo także na Uniwersytecie Łódzkim i Akademii Pedagogiki Specjalnej im. Marii Grzegorzewskiej. Od 2017 r. prowadzi redakcję "Pracy Socjalnej". Od początku lat dziewięćdziesiątych do 2016 r. dzięki współpracy z Centrum Rozwoju Służb Społecznych przekształconemu w 1998 r. w Instytut uczestniczył także w programach doskonalenia zawodowego pracowników socjalnych oraz był autorem i redaktorem publikacji z serii "ExLibris Pracownika Socjalnego". Jerzy Szmagalski włączył się w poszerzanie teoretycznych podstaw pracy socjalnej w naszym kraju, na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych wprowadzając do literatury przedmiotu koncepcje kontraktów między pracownikami socjalnymi a klientami oraz empowermentu. Wśród jego następnych zorientowanych międzynarodowo studiów badawczych ukazały się, między innymi, w 1996 r. zarys doświadczeń pracy socjalnej w sytuacjach katastrof i klęsk żywiołowych. W 2004 r. wprowadził do naszej literatury zagadnienia stresu i wypalenia zawodowego pracowników socjalnych, a w 2005 r. superwizji w pracy socjalnej. Ta książka nawiązuje do studium autora nad rozwojem teoretycznych podstaw pracy socjalnej od jej początków w XIX w., opublikowanym w 2016 r. i zaktualizowanym w 2018 r. wydaniu pt. Rozwój koncepcji pracy socjalnej na świecie. Jedna czy wiele?